Διαβάζοντας λίγο περί βυζαντινής ιστορίας μένει κανείς άναυδος μπροστά
στις εμπάθειες των ιστοριογράφων.. ολόκληρες οικογένειες εξαφανίζονται
η ίδια προσωπικότητα παρουσιάζεται ως διάβολος ή άγγελος αναλογα με
το συγγραφέα. Παρόλαυτά η εκδοχή του Φραντζή (εχθρικού προς το Νοταρά)
για την τύχη του Νοταρά ακούγεται πιο αληθοφανής:
Κατά τον Φραντζή ήταν επικεφαλής μόνο ενός εφεδρικού τμήματος ιππέων και τοξοτών τηρούμενου στο βόρειο άκρο του δυτικού τείχους. Μεταξύ αυτού και του διοικητή της άμυνας της πόλης Ιουστινιάνη σύντομα αναπτύχθηκε συγκρουσιακή σχέση λόγω (σύμφωνα με το Ιουστινιάνη) της άρνησής του Νοταρά να σπεύσει σε βοήθεια σε κρίσιμες φάσεις της μάχης, γεγονός που προκάλεσε την ιστορική έκρηξη θυμού του Ιουστινιάνη που συνοδεύτηκε από βαρείς χαρακτηρισμούς (“O traditor et che me tien che adesso non te scanna cum questo pugnal” Ω προδότη, δεν ξέρω τι με κρατεί και δεν σε σφάζω μ’ αυτό το μαχαίρι). Η προσωπική παρέμβαση του αυτοκράτορα σ’ αυτήν αλλά και σε άλλες περιπτώσεις αποσόβησε τα χειρότερα αλλά οι σχέσεις των δύο αντρών παρέμειναν τεταμένες μέχρι τέλους (ο Ιουστινιάνης τραυματίστηκε θανάσιμα στη διάρκεια μάχης γύρω από ένα ρήγμα του τοίχους). Tην ημέρα της άλωσης συνελήφθη στο σπίτι του (Καρολίδης). Αργότερα την ίδια ημέρα κι ενώ οι αψιμαχίες συνεχίζονταν στη Κωνσταντινούπολη, ο Νοταράς εμφανίστηκε να συνοδεύει τον Μωάμεθ Β’ στην περιήγησή του στο κέντρο της πόλης και ιδιαίτερα στην εκκλησία της Αγίας Σοφίας όπου και του ανακοινώθηκε από τον ίδιο το σουλτάνο ο διορισμός του ως διοικητή της πόλης με αυξημένες αρμοδιότητες (μάλιστα διέταξε και του καταβλήθηκαν 100 άσπρα ως δώρο για κάθε μέλος της οικογένειάς του). Ο σουλτάνος είχε από νωρίς μεριμνήσει για την προστασία της ζωής και της περιουσίας του, ενώ ο ίδιος αν και είχε τη δυνατότητα δεν επεδίωξε να διαφύγει. Στη διάρκεια της συνάντησής τους ο Νοταράς αποκάλυψε στο Μωάμεθ τη συνωμοτική δράση του φιλέλληνα (κατά άλλους χρηματιζόμενου) Μέγα Βεζύρη Κανταρλή Χαλήλ γεγονός που προκάλεσε την άμεση αποπομπή και εκτέλεσή του. Επίσης του ζητήθηκε κατάλογος όλων των Βυζαντινών ευγενών της Πόλης οι οποίοι κατόπιν σχετικής διαταγής περιήλθαν στην κατοχή του Μωάμεθ. Την επομένη ο Νοταράς δέχτηκε την τιμητική επίσκεψη του σουλτάνου στην οικία του, όπου έγινε αποδέκτης των τυπικών βασιλικών τιμών εκ μέρους της οικογένειας καθ’ οδόν προς τα αυτοκρατορικά ανάκτορα για τον εορτασμό των επινίκιων. Το ίδιο απόγευμα ο Νοταράς αποκεφαλίστηκε μαζί με τους δύο μεγαλύτερους γιους του. Kατά την επικρατέστερη άποψη αρνήθηκε να παραχωρήσει οικειοθελώς τον τρίτο και νεώτερο γιο του στο σουλτανικό χαρέμι κατόπιν σχετικής παραγγελίας του Μωάμεθ που προκλήθηκαν από προσωπικούς αντίπαλους του Νοταρά οι οποίοι φθονούσαν το νεοαποκτηθέν του αξίωμα, υπερβολική οινοποσία κατά τη διάρκεια της γιορτής, ή και τα δύο. Όλοι οι ευγενείς οι αναφερόμενοι στον κατάλογο που συνέταξε και παρέδωσε στον Μωάμεθ συνελήφθησαν ή εξαγοράστηκαν από τους δεσμώτες τους αντί χιλίων άσπρων και καρατομήθηκαν τα δε παιδιά τους μοιράστηκαν την τραγική τύχη των τριών γιων του Νοταρά, σημαίνοντας το ουσιαστικό τέλος της ύστερης Βυζαντινής αριστοκρατίας.
Φαύλος συναντάει φαυλότερο και γίνονται μια χαρούμενη ατμόσφαιρα.
Η άλλη εκδοχή-ο Μωάμεθ φιλοσοφεί και τιμωρεί τον αχάριστο προδότη- , με συγχωρείτε δε θα πάρω.
Αυτή με την κραιπάλη και τους βιασμούς ανηλίκων αιχμαλώτων μάλλον είναι πιο κοντά στην ιστορική αλήθεια.